AI研究者を作る148の科学スキル集 — 生物学から金融まで網羅 — claude-scientific-skills

アーキテクチャ・仕組み

claude-scientific-skillsは、オープンなAgent Skills標準に準拠したスキルファイル集です。各スキルは SKILL.md というMarkdownファイルに、ドキュメント・コード例・ユースケース・ベストプラクティスが記載されています。AIエージェントがスキルディレクトリを自動スキャンし、ユーザーの質問に関連するスキルを発見・活用する仕組みです。

対応環境

• Python: 3.9以上（3.12以上推奨）
• パッケージマネージャ: uv（必須）
• OS: macOS、Linux、Windows（WSL2経由）
• 対応AIエージェント: Cursor、Claude Code、Codex、Gemini CLI、およびAgent Skills標準対応の任意のエージェント
• クロスツール互換: CursorはClaude Code・Codex・Gemini CLIのスキルディレクトリも読み取り可能

スキル規模・カバー範囲

• 170以上のスキル: 17以上の科学分野をカバー
• 250以上のデータベース: BioServices（約40サービス＋30以上のPSICQICデータベース）、BioPython（Entrez経由でNCBI 38サブDB）、gget（20以上のゲノムDB）などを含む
• 60以上の最適化Pythonパッケージスキル: RDKit、Scanpy、PyTorch Lightning、scikit-learn、OpenMM、scVelo、TimesFMなど
• 37以上の専用データベーススキル: UniProt、PDB、ChEMBL、PubChem、ClinVar、COSMIC、FRED（経済データ80万+系列）など

主要な分野と機能

• バイオインフォマティクス: 配列解析、シングルセルRNA-seq、変異アノテーション、系統解析
• 創薬・化学情報学: バーチャルスクリーニング、分子ドッキング（DiffDock）、ADMET予測、分子動力学（OpenMM + MDAnalysis）
• 臨床研究: ClinicalTrials.gov検索、バリアント解釈、薬理ゲノミクス、cBioPortal（がんゲノミクス）
• 機械学習: PyTorch Lightning、scikit-learn、TimesFM（ゼロショット時系列予測）、PyMC（ベイズ推論）
• 物理・量子コンピューティング: Astropy、Qiskit、PennyLane、Cirq
• 地理空間科学: GeoPandas、GeoMaster（衛星画像、GIS、リモートセンシング）
• 金融データ: SEC EDGAR、FRED（連邦準備制度経済データ）、Alpha Vantage、ヘッジファンドモニター
• 科学コミュニケーション: 論文検索、ポスター・スライド作成、インフォグラフィック、Mermaidダイアグラム

セキュリティ

全スキルはCisco AI Defense Skill Scannerによるセキュリティスキャン済み。プロンプトインジェクション、データ流出、悪意あるコードパターンを検出するオープンソースツールです。

ライセンス

• リポジトリ全体: MITライセンス（商用利用可）
• 個別スキル: 各スキルの SKILL.md 内の license フィールドに個別ライセンスが記載されており、MITと異なる場合あり。利用者は各スキルのライセンスを確認する必要あり

制約・注意点

• データベーススキルはインターネット接続が必要
• 一部サービスはAPIキーが必要
• 各データベースにはレート制限あり
• 明示的に定義されたスキル以外のPythonパッケージも利用可能だが、スキルがあるパッケージの方がより高い精度で動作する

商用プラットフォーム

K-Dense Webという有償プラットフォームも提供されており、クラウドGPU、200以上のスキル、論文品質の出力機能、セットアップ不要の環境が利用可能（$50分の無料クレジットあり）。

インストール手順

1. リポジトリをクローン（ダウンロード）する

git clone https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills.git

2. スキルフォルダをコピーする

グローバル（全プロジェクトで利用可能）にインストールする場合：

Cursor の場合：

cp -r claude-scientific-skills/scientific-skills/* ~/.cursor/skills/

Claude Code の場合：

cp -r claude-scientific-skills/scientific-skills/* ~/.claude/skills/

Gemini CLI の場合：

cp -r claude-scientific-skills/scientific-skills/* ~/.gemini/skills/

3. パッケージマネージャ uv のインストール（依存関係管理用）

curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh

コピーするだけでAIエージェントが自動的にスキルを検出して使い始めます。